Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu

česká verze english version kontakt

SBÍRKY HUB

VURV-F VURV-A VURV-M RIBM CCF CCPO RIFIS CCBAS SPCH UPOC-FUN CCM CCDM CCDBC

Sbírka zemědělsky významných hub (VURV–F),
(CARC, v. v. i., Praha)

Sbírka byla založena v 90-desátých letech a na vedení a zaměření se postupně podíleli RNDr. Jiřina Krátká DrSc., RNDr. Eliška Sychrová a RNDr. Michaela Zemánková PhD. V současné době je vedoucím a kurátorem RNDr. David Novotný, PhD a technickou stránku sbírky zajišťují Jitka Dunaiová a Mgr. Kamila Mitrovská.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka uchovává in vitro kultivovatelné houby ze skupin Ascomycota, Basidiomycota, Zygomycota a organismy ze skupiny Oomycota, které jsou patogeny nebo potenciálními patogeny rostlin nebo jedlých a léčivých hub.
Dále pak uchovává mykotoxinogenní nebo potenciálně mykotoxinogenní houby, houby užitečné neb potenciálně užitečné pro ochranu rostlin nebo pro detekci škodlivých mikroorganismů rostlin, houby poškozující skladované zemědělské produkty a jedlé a léčivé houby. V současné době je ve sbírce uloženo víc než 750 kmenů hub nebo houbám podobných organismů.

• Aktivity a služby sbírky
Hlavními aktivitami sbírky jsou shromažďování, deponování a uchovávání kultur ve sbírce poskytování kultur, vč. poskytování informací o uchovávaných kmenech zachovávání genofondu hub. Sbírka přijímá do svých fondů bezplatně kmeny hub nebo houbám podobných mikroorganismů od jiných subjektů.
Sbírka nabízí a poskytuje servisní identifikaci hub a houbám podobných mikroorganismů, servisní lyofilizaci kmenů, servisní bezpečné uložení kmenů zákazníka, uložení patentových kmenů na národní úrovni, poradenství v oblasti taxonomie a ekologie hub, uchovávání kultur hub a v oblasti sbírek kultur mikroorganismů, zakázkovou přípravu většího objemu biomasy hub (na pevných i tekutých mediích).

• Výzkumné aktivity pracovníků sbírky
Diagnostika, determinace, mikrobiologická, morfologická, fyziologická a biochemická charakterizace fytopatogenních, entomopatogenních, nematofágních, mykotoxinogenních, endofytických, jedlých a léčivých hub významných pro zemědělství a bezpečnost zemědělských komodit a potravin.

• Metody uchování kmenů
Kmeny jsou uchovávány kryoprezervací v kapalném dusíku, lyofilizací (ty u nichž je to možné) a na šikmém agaru pod parafínovým olejem.

• Mezinárodní aktivity Sbírka je součástí Kolekce kultur mikroorganismů CARC (Culture collection of microorganisms of Crop Research Institute (Acronym: VURV)), která je mezinárodně registrovanou sbírkou ve World Data Centre for Microorganisms pod číslem WDCM 1236 a která je členem World Federation for Culture Collections.

Využití sbírky:
• využití kmenů: zejména pro vědu, výzkum a výuku • uživatelé, klienti: veřejné vysoké školy, státní orgány a ústavy, veřejné výzkumné instituce, soukromé výzkumné instituce

Kontakt:

Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu (CARC), v. v. i.
Kolekce kultur mikroorganismů CARC
Odbor ochrany plodin a zdraví rostlin (OOPZR)
Ekologie a diagnostika houbových patogenů
Drnovská 507, 161 00 Praha 6 – Ruzyně

Pracovníci, kontakt:
• vedoucí/odpovědný pracovník – RNDr. David Novotný PhD.
david.novotny@carc.cz, 233022341, 233022358, 702087691

• další pracovníci – Jitka Dunaiová, Mgr. Kamila Mitrovská

Sbírka biotrofních hub (VURV–A), CARC, v. v. i., Praha)

Počátek určování fyziologických ras rzí na pšenici spadá do šedesátých let minulého století. Výsledky byly pravidelně publikovány ve vědeckých časopisech (Genetika a Šlechtění, nyní Czech Journal of Genetics and Plant Breeding a Ochrana rostlin, nyní Plant Protection Science). O výsledcích byli informováni šlechtitelé a výsledky byly využity ve šlechtění pšenice na odolnost proti rzím. Od té doby stále probíhá determinace fyziologických ras a izoláty rzi se udržují ve sbírce.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka obsahuje 826 izolátů rzi pšeničné, 29 izolátů rzi travní, 2 provenience rzi plevové a 15 izolátů padlí travního.

• Aktivity/výzkumné aktivity
Izoláty rzí se využívají v testech rezistence v polních a skleníkových pokusech. Inokulum rzí využívají domácí i zahraniční šlechtitelé.

• Metody uchování kmenů
Určené izoláty se uchovávají ve sbírce jako urediospory. Padlí travní se uchovává na listových segmentech. Často užívané izoláty se uchovávají v chladničce při 5°C, základní sbírka se uchovává v ultranízké teplotě -85°C.

• Systémy kvality
Určování izolátů se provádí na mezinárodně užívaných souborech diferenciačních odrůd. K determinaci slouží jednokupkové izoláty rzi. K uchovávání izolátů rzi a padlí travního se užívá standardních metod.

• Národní a mezinárodní vazby
Izoláty rzi se užívají v mezinárodní vědecké spolupráci (Austrálie, U.K., Francie, Maďarsko, Slovensko). Na domácí úrovni se izoláty využívají ve šlechtění pšenice na odolnost a v testování rezistence pšenice organizacemi ÚKZÚZ (na Slovensku ÚKSÚP).

Využití sbírky:
Izoláty rzí se využívají ve šlechtění pšenice na odolnost v České i Slovenské republice. Využívá je rovněž ÚKZÚZ a ÚKSÚP. Užívají se rovněž ve vědecko-výzkumné práci na domácí i mezinárodní úrovni.
• Uživatelé, klienti: organizace zabývající se šlechtěním pšenice, ÚKZÚZ, ÚKSÚP, zahraniční vědecké instituce

Kontakt:

Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu (CARC), v. v. i.
Odbor genetiky, šlechtění a kvality produkce
Drnovská 507
161 00 Praha 6 – Ruzyně

Zodpovědný kurátor: Mgr. Alena Hanzalová, Ph.D.
e-mail: alena.hanzalova@carc.cz, tel: 233022243

Sbírka jedlých a léčivých makromycetů (VURV–M),
(CARC, v. v. i., Olomouc)

Sbírka byla založena v roce 2006 jako kolekce diaspor – výtrusů, sklerocií apod., nejčastěji v podobě tzv. „sporeprints“ (otisků plodnic s výtrusy) se záměrem vytvořit originální soubor genofondových položek autochtonních jedlých druhů makromycet středoevropské mykoflóry. Od roku 2008 je sbírka zařazena do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu.

• Charakteristika sbírky
Charakteristika sbírky: Naším cílem je vytvořit specializovanou mykologickou sbírku, zaměřenou na shromažďování a uchovávání geneticky homogenních kultur autochtonních druhů jedlých a/nebo léčivých makromycet využitelných pro zahradní kultivace a podpora nově vznikajících zahradních mykotechnologií.
Nejpočetnější část kolekce tvoří smržovité houby (Morchellaceae), další část představují různé druhy jedlých a/nebo léčivých stopkovýtrusných hub (Basidiomycetes), které mají potenciální význam pro zahradní kultivace.
Kolekce je průběžně rozšiřována o nové izoláty získané ze sběrových aktivit.

• Metody uchování kmenů
Do Národního programu byly zařazeny izoláty ve formě myceliálních kultur, pravidelně pasážované a udržované na standardních živných médiích (žitný substrát, MEGA- sladinový agar s glukózou, PDA) a uchovávané v chladničce při +4-7°C. Od roku 2018 jsou kmeny současně uchovávány v kryoprezervaci v Centrální laboratoři NPGZM.

Kontakt:

Pracoviště: Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu (CARC), v. v. i. Olomouc, odbor genetiky, šlechtění a kvality produkce

Kurátor:
RNDr. Irena Petrželová Ph.D.
Tel.: 585 208 966, 702 087 798
e-mail: irena.petrzelova@carc.cz

Zástupce kurátora:
Mgr. Pavel Kopecký

Sbírka pivovarských mikroorganismů (RIBM), (VÚPS, a. s., Praha)

Sbírka pivovarských kvasinek vznikla v roce 1946 jako součást sbírky kvasinek a kvasinkovitých mikroorganizmů pod vedením Dr. Kockové-Kratochvílové, od roku 1953 působí samostatně. Kolekce je od roku 1964 členem Federace Českých a slovenských sbírek mikroorganismů a je mezinárodně registrovaná s názvem RIBM pod číslem 655. Svým zaměřením na produkční kmeny pivovarských kvasinek je ojedinělá v oblasti Střední a Východní Evropy. Roku 1996 se Sbírka pivovarských kvasinek stala (jako jedna z velmi specificky zaměřených a průmyslově využitelných sbírek) součástí „Národního programu ochrany genofondu mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu a jejich využití v referenční diagnostice“. Tento projekt je také podporován českou vládou formou dotace Ministerstvem zemědělství ČR. Program je veden Radou genetických zdrojů mikroorganismů, která sleduje závazné zachování funkční existence sbírek mikroorganismů odpovídajícího charakteru.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka RIBM obsahuje dvě oddělené sbírky, Sbírku pivovarských kvasinek a Sbírku bakterií, a divokých a vinařských kvasinek. Sbírka v současné době zahrnuje celkem 308 kmenů kvasinek a bakterií. Nejvýznamnější část sbírky tvoří kolekce 118 kmenů kulturních pivovarských kvasinek Saccharomyces pastorianus a S. cerevisiae, shromažďovaných průběžně od roku 1953 z českých i zahraničních pivovarů. Sbírka divokých a vinařských kvasinek obsahuje 79 kmenů řazených do rodů Saccharomyces, Torulaspora, Zygosaccharomyces, Dekkera, Williopsis, Pichia, Schizosaccharomyces, Saccharomycodes, Candida, Kloeckera a Rhodotorula. Ve Sbírce bakterií je deponováno 108 kmenů rodů Lactobacillus, Leuconostoc, Pediococcus, Tetragenococcus, Lactococcus a 3 kmeny rodu Pectinatus.

• Metody uchování kmenů
Sbírky pivovarských a divokých kvasinek jsou vedeny na sladinových agarech pod zaparafinovanou vatovou zátkou a současně na sladinových agarech převrstvených sterilním parafinovým olejem odděleně v chladícím boxu. Tyto osvědčené způsoby vedení kultur umožňují dodání kmene žadateli rychle a v aktivním stavu na šikmém agaru, případně rozkvašené do 1,5 l mladiny, což usnadňuje převedení produkčního kmene do výroby. Od roku 2006 jsou kmeny pivovarských kvasinek uchovávány v kryozkumavkách s ochranným médiem v tekutém dusíku při teplotě -196°C. Uložení v tekutém dusíku (kryoprezervace) je považováno za optimální způsob dlouhodobého uchovávání kvasinek v životaschopném stavu. Bakterie mléčného kvašení jsou paralelně uchovávány v polotučném mléce, v kapalném dusíku a v lyofilizovaném stavu.

Využití sbírky:
Sbírkové kmeny jsou primárně využívány pro výzkumné projekty řešené VÚPS a dalšími výzkumnými organizacemi (MSM6019369701, 1M0570, 2B08022, 2A-2TP1/031, FI-IM5/067, QF3299, QI91B226 atd.). Kmeny jsou dále využívány pro výuku a diplomové a doktorské práce na vysokých školách.

• Hlavní uživatelé služeb Sbírky
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (výzkum, diplomové a doktorské práce)
Univerzita Karlova v Praze (výzkum, diplomové a doktorské práce)
Přírodovědecká fakulta Masarykovy Univerzity v Brně (diplomové a doktorské práce)
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. v Praze (výzkum)
Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně (výzkum)
Technická univerzita v Liberci (výuka)

Kontakt:
Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, a.s.
Lípová 15
120 44 Praha 2

• vedoucí/kurátor sbírky
Ing. Petra Kubizniaková
kubizniakova@beerresearch.cz,
tel.: 224 900 152
• zástupce kurátora
RNDr. Dagmar Matoulková, Ph.D.
matoulkova@beerresearch.cz
tel.: 224 900 132

webové stránky: https://www.beerresearch.cz

Sbírka kultur hub (CCF), (PřF UK, Praha)

Založena v letech 1964-65 pod vedením Dr. Olgy Fassatiové. V roce 2006 se sbírka začlenila do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM).

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka uchovává saprotrofní vláknité mikroskopické houby, především z oddělení Ascomycota a Zygomycota. Do databáze Národního programu je zařazeno přes 300 kultur hub (z celkového počtu cca 4880 kmenů hub); jde o houby kontaminující potraviny, houby toxinogenní, fytopatogenní, entomopatogenní a houby s biotechnologickým potenciálem.

• Oblasti výzkumu
Taxonomie askomycetů
Biodiverzita a ekologie mikromycetů v přírodě i antropogenním prostředí
Klinicky významné houby

• Služby
Kultury hub z databáze Národního programu jsou poskytovány bezplatně (pro nekomerční využití). Žadatel hradí poštovné a balné.
Nutno uzavřít dohodu o nekomerčním využití kmenů (MTA, příloha MTA).

• Placené služby (ceník)
Poskytování ostatních kultur hub pro výukové a vědeckovýzkumné účely. Kultury jsou poskytovány ve zkumavkách nebo ve formě lyofilizátů.
Bezpečné uložení kultur mikroskopických hub na určitou dobu.
Lyofilizace kultur hub.
Identifikace kultur mikroskopických hub. .

• Metody uchování kmenů
ve zkumavkách na šikmých agarových médiích v chladničce při cca 5°C
v lyofilizované formě
v alginátových peletách
pod olejem

Využití sbírky:
Sbírka slouží pro výuku mykologů a výzkum a k dlouhodobému uchovávání vědecky významných kultur hub jako doklad.
Poskytuje mikromycety pracovníkům a studentům vzdělávacích a výzkumných institucí i průmyslových laboratoří.

Tvorba vzdělávacích materiálů:
Toxinogenní mikromycety
Entomopatogenní houby

Kontakt:

Kurátor:
RNDr. Alena Kubátová, CSc. (kurátor)
Sbírka kultur hub (CCF)
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Katedra botaniky
Benátská 2, 128 01 Praha 2
Česká republika
tel.: 221951656 (Dr. A. Kubátová),
e-mail: kubatova@natur.cuni.cz

• odborní pracovníci
doc. Ondřej Koukol, Ph.D.
MUDr. Vít Hubka, Ph.D.
Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D.

• laborantky
Lada Syrovátková
Kateřina Glässnerová
Ivana Borovičková

web: CCF

Lyofilizáty

Živá sbírka hub na agarových médiích

Ascosphaera apis – plodnice,
parazit včel

Aspergillus clavatus – konidiofory, kontaminant krmiva

Monascus purpureus – kolonie, producent monakolinu

Penicillium verrucosum – kolonie, producent ochratoxinu A

Česká sbírka fytopatogenních oomycetů (CCPO),
(VÚKOZ, v. v. i., Průhonice)

Sbírka byla založena v r. 2005 pod vedením Mgr. Karla Černého, PhD. Od r. 2012 je součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů.

• Charakteristika sbírky
Sbírka slouží především k uchování kmenů fytopatologicky významných druhů oomycetů náležejících do rodu Phytophthora de Bary 1876 a do široce pojatého rodu Pythium Pringsh. 1858, který je v současnosti rozdělen na několik samostatných rodů Elongisporangium Uzuhashi, Tojo & Kakish. 2010, Globisporangium Uzuhashi, Tojo & Kakish. 2010, Phytopythium Abad, De Cock, Bala, Robideau, A.M. Lodhi & Lévesque 2010 a Pythium.
V současné době (2021) je ve veřejné části sbírky uloženo přes 580 kmenů oomycetů náležejících do rodů Phytophthora (30 taxonů) a Pythium (24 taxonů). V pracovní části sbírky je uloženo téměř 500 dalších kmenů.
ČSFO se soustřeďuje na uchování genetických zdrojů vybraných zástupců řádu Pythiales z území České republiky, zejména pak na aktuální hrozby – na druhy recentně pronikající na území ČR, které mají zároveň potenciál uniknout do volné přírody a slouží jako podpora pro jejich další výzkum.
Izoláty jsou získávány převážně v rámci výzkumné činnosti Odboru biologických rizik VÚKOZ a v kooperaci s dalšími institucemi. Izoláty pochází z nejrůznějších typů porostů a výsadeb v rámci celé ČR od skleníkových provozů, zahradnictví a zahradnických center, přes soukromé zahrady, veřejnou zeleň, školkařské provozy, sady až po břehové a lesní porosty. Uchovávaný materiál byl doposud získán z více než 100 různých taxonů hostitelů, patřících zejména mezi okrasné rostliny a ovocné a lesní dřeviny.

• Metody uchování kmenů
Jednotlivé izoláty jsou uchovávány na šikmých agarech (OA agar) ve zkumavkách v chladnici při teplotě cca 12°C ve čtyřech paré. Jejich stav je pravidelně kontrolován a jsou průběžně přeočkovávány v intervalu 1 – 2 let.
Pro dlouhodobé uchovávání a zabezpečení sbírkových kmenů je paralelně využívána metoda kryoprezervace. Sbírkové kmeny se od roku 2017 postupně ukládají v centrální laboratoři NPGZM v Ruzyni – v současnosti (2021) je metodou kryoprezervace uloženo 160 kmenů oomycetů.

Využití sbírky:
Sbírka slouží k uchování genofondu významných fytopatogenních a dalších oomycetů ČR. Uložené izoláty jsou poskytovány domácím a zahraničním vědeckým institucím. Izoláty jsou využívány k diagnostice chorob rostlin, k testování rezistence rostlin, ke srovnávání patogenity, k testování a vývoji metod integrované ochrany rostlin, jako výukový a srovnávací materiál a k dalším výzkumným a experimentálním účelům.

Údaje o poskytování kmenů:
Izoláty poskytujeme na základě objednávkového formuláře, pro vědecké a výzkumné účely zdarma, pro komerční využití jsou izoláty zpoplatněny částkou 80 € (částka v Kč dle aktuálního kurzu) za jeden izolát + náklady na poštovné.

Kontakt:

Výzkumný ústav Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v.v.i.
Květnové nám. 391
252 43 Průhonice
telefon: + 420 296 528 368
web CCPO

Kurátor sbírky:
Mgr. Markéta Hrabětová
hrabetova@vukoz.cz

Zástupce kurátora:
Ing. Marcela Mrázková
mrazkova@vukoz.cz

Molekulární biolog:
Ing. et Ing. Šetinová Dita
setinova@vukoz.cz
Mgr. Markéta Hrabětová
hrabetova@vukoz.cz

Technik:
Mgr. Liliya Fedusiv
fedusiv@vukoz.cz

Phytophthora alni (V8A, 20°C, 7 dní)

Phytophthora citrophthora (V8A, 20°C, 7 dní)

Phytophthora gonapodyides (PDA, 20°C, 7 dní)

Phytophthora plurivora (V8A, 20°C, 7 dní)

Sbírka průmyslově využitelných mikroorganismů (RIFIS), (CARC, v. v. i.)

Aktivity, výzkumné aktivity, služby:
Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu (CARC), v. v. i. spravuje a uchovává unikátní kolekci průmyslově využitelných mikroorganismů RIFIS. Sbírka zajišťuje potřeby v oblasti zemědělské a potravinářské. Kmeny jsou využívány pro zpracování potravinářských a zemědělských komodit, pro potřeby kontrolní analytické činnosti a výzkumné úkoly řešené v CARC, v.v.i. i jinde. Poskytujeme deponované bakteriální kmeny s garantovanými charakteristikami v požadované kvalitě a množství pro vědecké a výzkumné účely

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka obsahuje bakterie, kvasinky a plísně důležité v potravinářském průmyslu a zemědělství. V roce 2023 se celkový počet upravil na 155 kmenů, 135 kmenů kvasinek, 13 kmenů bakterií a 7 kmenů plísní.

• Metody uchování kmenů
Kmeny se uchovávají na šikmých agarech v aktivním stavu a jsou skladovány v lednici při 4 – 7 °C. Od roku 2020 jsou kmeny uloženy také v kryozkumavkách s ochranným médiem v hluboce zmraženém stavu při teplotě -80°C. Kmeny kvasinek a hub jsou rovněž dlouhodobě uchovávány metodou kryoprezervace v kapalném dusíku, která je prováděna externě v centrální laboratoři NPGZM na pracovišti CARC v.v.i.,

Využití sbírky:
• Využití kmenů
Nejpočetnější skupinou mikroorganismů ve Sbírce jsou kvasinky – 135 kmenů. Sbírka obsahuje kmeny pekařských, lihovarských a vinných kvasinek, využívané v příslušných oborech, zejména v oblasti výzkumu. Dále jsou ve Sbírce kmeny, které jsou využívané pro speciální výroby a kmeny, které se využívají pro výrobu speciálních dietetik. Jedná se o kmeny: Saccharomyces, Kluyveromyces, Cyberlindnera, Yarrowia, Candida, Pichia, Wickerhamomyces, Meyerozyma, Rhodotorula a Toluraspora.
Sbírka uchovává také 7 kmenů plísní. Jedná se o kmeny: Aspergillus, Penicillium, Trichoderma a Phaerochaete. Většina těchto kmenů jsou producenti enzymů, které jsou využívány v potravinářském průmyslu a zemědělství, např. amyloglukosidázy, glukozaoxidázy a celulázy.

• Uživatelé a klienti
Uživatelé Sbírky jsou především výzkumné ústavy pracující v oboru mikrobiologie, potravinářských výrob a zemědělství. Příkladem klientů je např. Laboratoř enzymových technologií MBÚ AV ČR Praha, Laboratoř biologie a mikrobiologie – Ústav ekologie krajiny AV ČR, České Budějovice, Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, Výzkumný ústav antibiotik a biotransformací Praha a jiné.

Kontakt:
Odpovědný řešitel/kurátor: Mgr. Radko Pechar, Ph.D.
tel.: +420 775435055
e-mail: radko.pechar@carc.cz

Další řešitel: Ing. Zdeněk Moučka
tel.: 737 287 009
zdenek.moucka@carc.cz
Ing. Marian Urban, Ph.D.
tel.: 737 287 003
marian.urban@carc.cz

Pracoviště: Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu (CARC), v. v. i.

fermentor

kmeny na šikmých agarech

Sacharomyces cerevisiae

Y lipolytica Candida sp. detekce lipasy

Sbírka kultur basidiomycetů (CCBAS), (MBÚ AV ČR, v. v. i., Praha)

Sbírka kultur basidiomycetů (CCBAS) je integrální součástí mateřské sbírky CCBAS (Culture Collection of Basidiomycetes), uchovávané v Mikrobiologickém ústavu AV ČR, v.v.i., která vznikla v roce 1959. Od roku 2003 je zařazena do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných organismů hospodářského významu. Zde figuruje jako kolekce genetických zdrojů basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství pod evidenčním číslem NPGZ-M/03-025 (předmět podpory B 6.3.11. Basidiomycety). Sbírka zahrnuje v současnosti 356 kmenů basidiomycetů ve 140 druzích, zejména dřevokazných; nové kmeny jsou průběžně doplňovány.

• Aktivity/výzkumné aktivity
Součástí práce pracovníků sbírky je studium nových a optimalizace stávajících metod konzervace hub, jejich ověřování a zavádění do praxe. Na našem pracovišti byla vyvinuta a ověřena nová původní metoda kryoprezervace kultur hub na perlitu, která je prakticky využívána nejen v naší, ale i četných zahraničních sbírkách hub. Pracoviště slouží jako zdroj kultur basidiomycetů pro účely výzkumu a výuky, který je hojně využíván domácími i zahraničními kolegy. Další aktivitou jsou konzultace týkající se kultivace, fyziologie a genetiky basidiomycetů. Nezanedbatelnou aktivitou je také publikace dosažených výsledků v impaktovaných odborných časopisech.

• Metody uchování kmenů
Všechny kmeny sbírky CCBAS jsou uchovávány metodami kryoprezervace dle standardů WFCC. Ve sbírce CCBAS jsou používány tři způsoby konzervace kultur. První spočívá v přeočkovávání kultur na agarových médiích ve zkumavkách (tzv. šikmé agary), které jsou pak uloženy v chladničce při cca 4 - 7°C. Frekvence přeočkovávání je závislá na druhu uchovávané houby a pohybuje se mezi třemi a dvanácti měsíci. Sledování kultur určených k přeočkování se děje automaticky pomocí provozního databázového programu. Vlastní přeočkování se provádí (při dodržení přísné ochrany před kontaminací v laminárním boxu) přenesením malého kousku mycelia na čerstvé pevné kultivační médium ve zkumavkách. U všech kultur je používáno nejčastěji kultivační medium, jehož základem je sladový extract, u menšiny kultur pak některá další specifická média. Druhým způsobem konzervace je kryoprezervace v kapalném dusíku. Jako nosiče houbového mycelia jsou užívány částice perlitu v kryozkumavkách, zvlhčené sladinovým médiem. Takto připravené vzorky kultur jsou zamrazovány v programovatelném počítačem řízeném zařízení IceCube podle specifických protokolů (odlišných pro různé skupiny hub) a následně uloženy do kontejneru s kapalným dusíkem. Třetím způsobem konzervace je uchovávání při teplotě -70°C v kryozkumavkách na perlitu, které probíhá stejným způsobem jako u druhého způsobu (tj. v kryozkumavkách na perlitu zamrazeny pomocí IceCube), ale zamražené kultury jsou místo do kapalného dusíku uloženy do mrazicího boxu s teplotou -70°C Aktivace pak probíhá vysetím na pevné agarové médium nebo do kapalného média. Vzhledem k charakteru houbových kultur je třeba vyvíjet stále dokonalejší metody jejich dlouhodobého uchovávání. Modifikovaným postupem se podařilo docílit po kryoprezervaci zachování významných morfologických, fyziologických i genetických vlastností původních kmenů včetně produkčních. Sbírkové kultury jsou hodnoceny každoročně. Účelem hodnocení je zjistit zejména případné změny, ke kterým došlo v průběhu uchovávání. Frekvence hodnocení se liší podle použité konzervační techniky. Je samozřejmé, že vlastnosti kultur udržovaných na pevných médiích je nutno ověřovat častěji než při kryogenní konzervaci. U všech kultur je hodnocena jejich životaschopnost, makromorfologie (tvar, zabarvení, výška a hustota myceliální kolonie), mikromorfologie (vzhled hyf, jejich větvení, přítomnost přezek, spor a jejich vlastností apod.), růst (rychlost a kvalita růstu) a čistota (tj. nepřítomnost kontaminace). V případě potřeby nebo při podrobném hodnocení (interval podle variability jednotlivých kultur, většinou po 2 až 5 letech) je kromě výše uvedeného hodnocen růst kvantitativně (měřením průměru kolonií na pevném médiu nebo stanovením suché hmotnosti mycelia z tekutého média po submersní kultivaci) a případně jsou hodnoceny i biochemické vlastnosti kultury (např. stanovení enzymových aktivit, zejména u dřevokazných hub). Kultury uložené v kapalném dusíku musí být před hodnocením přeneseny výsevem na pevná agarová média nebo do tekutých médií. Používají se většinou média popsaná výše pro pasážování kultur, která jsou v některých případech obohacena o kryoprotektant (většinou 5% glycerol). Je-li vzorek kultury expedován mimo sbírku, je příslušná kultura nejprve hodnocena. U nových kultur je nutné (a u stávajících vhodné) jejich taxonomické určení. Basidiomycety jsou z tohoto hlediska značně náročná skupina hub, protože mnohé obtížně fruktifikují a myceliální kultury jsou nesnadno rozlišitelné. Proto ve sbírce probíhá molekulárně genetická charakterizace jednotlivých kmenů.

• Databáze
Údaje o kulturách a provozu sbírky jsou uchovávány jednak lokálně v provozní databázi, speciálně pro tuto funkci vyvinuté, jednak v centrální databázi NP ve VÚRV v Ruzyni a její lokálně umístěné dceřiné databázi na pracovišti MBÚ AV ČR, v.v.i. Databázový program je průběžně zdokonalován. Průběžně je evidováno poskytnutí vzorku kultur, popř. informací, jiným subjektům. Základem dokumentace jsou údaje o vědeckém názvu kmene (druh, kmen nebo rasa, varieta), kultivačním médiu, podmínkách kultivace, původu kmene (místo a autor izolace, země původu), o způsobu konzervace a datu poslední obnovy.

Využití sbírky:
Sbírka kultur basidiomycetů je členem World Federation of Culture Collections (WFCC) a je evidována ve World Data Centre of Microorganisms pod číslem 558. Dále je členem Federation of Czechoslovak Collections of Microorganisms (FCCM). Sbírka kultur basidiomycetů CCBAS poskytuje kultury různým domácím i zahraničním pracovištím pro účely vědy a výzkumu, nejvíce laboratořím mateřského ústavu MBÚ AV ČR, v.v.i., ale i dalším pracovištím základního i aplikovaného výzkumu. Na základě této spolupráce byly sbírkové kmeny využity v mnoha výzkumných projektech. Kmeny jsou využívány zásadně pro nekomerční účely výzkumu a výuky.V rámci mezinárodní spolupráce a výměny informací poskytuje sbírka též údaje o uchovávaných kulturách basidiomycetů (viz centrální databáze ve VÚRV). Poskytování kmenů sbírky CCBAS je vždy doprovázeno MTA nebo jiným interním dokumentem. Kmeny jsou poskytovány vždy v souladu s úkoly vyplývajícími z implementace CBD (Convention on Biological Diversity) a Nagojského protokolu.

Kontakt:

Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Laboratoř environmentální mikrobiologie
Vídeňská 1083
142 20 Praha 4

Pracovníci/kontakt
• vedoucí sbírky
RNDr. Ivana Eichlerová, PhD, vedoucí a kurátor

e-mail: eichler@biomed.cas.cz
tel.: 241 062 397
fax: 241 062 384
• další pracovníci
Ing. Petra Dobiášová
web CCBAS

Basidiomycety v přírodě - Amanita panterina

Basidiomycety na Petriho miskách

Mucidula mucida na Petriho misce

Uchvávání kultur basidiomycetů na šikmých agarech

Houbové kultury uchovávané na perlitu

Uchovávání kultur v tekutém dusíku

Zařízení na zamražování a uchovávání houbových kultur

Houbové kultury z perlitu po rozmražení na Petriho miskách

Semikvantitativní test na produkci ligninolytického enzymu lakázy u kultur po rozmražení

Sbírka patogenů chmele, (ChI, s. r. o., Žatec)

Sbírka byla založena v roce 2003. Hlavní pozornost je věnována patogenům chmele – viry a viroidy.

• Metody uchování kmenů
infikované rostliny chmele, CaCl2, lyofilizace

• Systém kontroly
Každý rok je provedeno sledování patogenů metodou ELISA, hodnocení metodou RT-PCR současně probíhá kontinuální doplňování nových izolátů
Izoláty: ApMV, PNRSV, ArMV, HLV, HMV, HLVd

Využití sbírky:
Diagnostika patogenů – ELISA, fytopatologický – virologie

Uživatelé: SRS, ÚKZÚZ, ČZU Praha

Kontakt:

Chmelařský institut s.r.o., Žatec

Odpovědný pracovník: Ing. Petr Svoboda, CSc.
svoboda@chizatec.cz
+420 415 732 121
fax +420 415 732 150
http://www.chizatec.cz

Sbírka fytopatogenních mikroorganismů (UPOC),
(PřF UP v Olomouci)

Základ sbírky houbových fytopatogenních mikroorganismů začal Prof. Lebeda budovat již od r. 1977 během svého působení ve Šlechtitelské stanici Sempry ve Smržicích. S jeho nástupem na Katedru botaniky PřF UP v r. 1994 byly do sbírky postupně začleněny i izoláty řas a sinic (garantuje Doc.RNDr. Hašler z oddělení algologie pod vedením prof. Poulíčkové) a sbírka virů a fytoplazem (garantuje prof. Navrátil na Katedře buněčné biologie a genetiky). Sbírka je rozšiřována a doplňována sběrovými expedicemi.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V národní databázi je v současnosti zařazeno:
177 izolátů 15 druhů fytopatogenních hub a houbám podobných organismů, 31 kmenů 31 druhů autotrofů (12 sinic a 19 řas), 5 izolátů 4 druhů fytoplazem a 28 izolátů 7 druhů virů další jsou součástí pracovní kolekce.

• Aktivity/výzkumné aktivity Katedry botaniky
Genetická variabilita fytopatogenních hub;
Biodiverzita a genetická variabilita interakcí hostitel-patogen v kulturním a přírodním patosystému;
Mechanismy rezistence v interakcích hostitel-patogen;
Šlechtění rostlin (klasické i biotechnologické přístupy) na rezistenci k chorobám;
Testování rezistence patogenů vůči fungicidům;
Biologie, ekologie a genetika řas a sinic
Epidemiologie, biologie a genetika virů a fytoplazem

• Služby
poskytování kmenů pro nekomerční účely
konzultační a determinační činnost

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem
IBEB (International Bremia Evaluation Board)

• Mezinárodní spolupráce
výměna kmenů, vývoj metodik uchovávání, kultivace a testování rezistence hostitelských rostlin

Využití sbírky:
• Využití kmenů
výuka, výzkum, testování odolnosti rostlin, referenční kmeny pro fytosanitární diagnostiku, konzultační činnost a doškolování odborných pracovníků v oblasti vodohospodářství
• Uživatelé, klienti
studenti, vyučující, vědci, odborní pracovníci ÚKZÚZ, šlechtitelských a vodohospodářských stanic

Kontakt:

Univerzita Palackého v Olomouci
Přírodovědecká fakulta
Katedra botaniky
Šlechtitelů 11
783 71 Olomouc-Holice
webová stránka: http://botany.upol.cz/
fax: 585634824

vedoucí/odpovědný pracovník
Prof. Ing. Aleš Lebeda, DrSc.
ales.lebeda@upol.cz
tel.: 585634800

další pracovníci
Doc. RNDr. Michaela Sedlářová, Ph.D.
michaela.sedlarova@upol.cz
tel.: 585634809

Mgr. Pavla Šiková
Doc. RNDr. Barbora Mieslerová, Ph.D.
RNDr. Božena Sedláková, Ph.D.
Doc. RNDr. Petr Hašler, Ph.D.
Prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. (Katedra buněčné biologie a genetiky)

Česká sbírka mikroorganismů (CCM), (MU, Brno)

Sbírka mikroorganismů vztahujících se k potravinářským technologiím a produktům (dále jen Sbírka) se do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů (NPGZM) zapojila v roce 2019. Jedná se o vybranou kolekci přibližně 200 kmenů bakterií z fondů České sbírky mikroorganismů (CCM), která reprezentuje specializované vědecko-servisní pracoviště Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity (PřF MU).

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka uchovává kultury mikroorganismů ze skupin grampozitivních tyček a koků (kmen Firmicutes) a gramnegativních tyček (kmen Proteobacteria) významných v potravinářském průmyslu, které nachází uplatnění v základním a aplikovaném výzkumu, průmyslu, biotechnologiích i ve výuce. Tyto vybrané kmeny doplňují spektrum potravinářsky významných mikroorganismů deponovaných v rámci NPGZM.

• Aktivity/výzkumné aktivity
Hlavní aktivity Sbírky jsou spojeny s deponováním, uchováváním a distribucí kultur. Řada kmenů uložených ve Sbírce je unikátních a Sbírka průběžně doplňuje svoje fondy, čímž aktivně přispívá k uchování genofondu a ochraně biodiverzity mikroorganismů ex situ. Výzkumné aktivity realizované v rámci projektů národních grantových agentur jsou zaměřeny na oblast taxonomie.

• Služby
Sbírka poskytuje lyofilizované kultury mikroorganismů vztahující se k potravinářským technologiím a produktům (typové kultury, referenční a produkční kmeny). Všechny kultury jsou distribuovány za podmínek uvedených v Dohodě o nakládání s materiálem (Material Transfer Agreement, MTA) a podle pravidel OECD Best Practice Guidelines for BRCs a WFCC Culture Collections Guidelines.
Dále jsou nabízeny odborné konzultace především na téma taxonomie bakterií a vláknitých hub, jejich izolace, kultivace, identifikace a bezpečnosti práce s mikroorganismy nebo možnost dlouhodobého uchovávání kultur zákazníka.

• Mezinárodní spolupráce
V rámci svého začlenění do struktury CCM, která je členem Světové federace sbírek kultur (World Federation for Culture Collections), Organizace evropských sbírek kultur (European Culture Collections‘ Organisation) a Federace československých sbírek mikroorganismů Sbírka aktivně spolupracuje s mnoha tuzemskými i zahraničními pracovišti.

• Metody uchování kmenů
Dlouhodobé uchovávání životaschopných kultur je u všech sbírkových kmenů zabezpečeno trojím způsobem, a to jednak metodou kryoprezervace (lyofilizace), dále pak uložením v kapalném dusíku (-196 °C) a v hluboko mrazicím boxu (-70 °C).

• Systém kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
V roce 2006 byl na pracovišti CCM, pod které spadá i výše uvedená Sbírka v rámci NPGZM, zaveden systém managementu kvality odpovídající požadavkům normy ČSN EN ISO 9001:2001. S platností od 4. června 2017 proběhla recertifikace pracoviště podle nově zavedené normy EN ISO 9001:2015. Veškeré laboratorní práce ve Sbírce jsou prováděny v souladu se schválenou metodikou Standardních operačních postupů a Správné laboratorní praxe. Formát uchovávaných dat je založen na standardu MINE (Microbial Information Network Europe).

Využití sbírky:

• Využití kmenů
Sbírkové kmeny jsou využívány především k vědecko-výzkumným a výukovým účelům. Mezi uživatele patří zdravotnické organizace, dále veterinární správa, veřejné výzkumné instituce, veřejné vysoké školy, laboratoře mikrobiologie vod a potravin, zemědělské laboratoře i soukromé výzkumné instituce a státní orgány a ústavy.

Kontakt:

Česká sbírka mikroorganismů
Ústav experimentální biologie PřF MU
Kamenice 5, budova A25, 625 00 Brno, Česká republika
Telefon: +420-549491430
Webové stránky https://ccm.sci.muni.cz/

Pracovní kontakt:

Vedoucí/odpovědný pracovník
prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc., vedoucí CCM
ivo@sci.muni.cz, +420-549496922

Další pracovníci
Mgr. Dana Nováková, Ph.D., kurátorka sbírky bakterií
danan@sci.muni.cz
Ing. Monika Laichmanová, Ph.D. kurátorka sbírky mikroskopických hub
monikadr@sci.muni.cz

Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora® (CCDM), (Milcom, a. s., Tábor)

Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora® (CCDM) je unikátní tuzemskou kolekcí bakteriálních jednodruhových i směsných kultur a houbových mikroorganismů izolovaných z různých mlékařských výrobků a provozů. Činnost sbírky byla zahájena již v roce 1956 v Praze a v současné době se nachází na pracovišti Výzkumného ústavu mlékárenského v Táboře (areál společnosti MILCOM a.s.). Ve sbírce Laktoflora® bylo v roce 2021 evidováno celkem 974 kmenů. Převážná část bakteriálních kultur je uchovávána v lyofilizovaném stavu a zároveň pomocí kryoprezervace v hlubokomrazícím boxu. Kvasinky, vláknité houby a povrchově rostoucí bakteriální kmeny jsou vedeny na živném agarovém médiu a rovněž jsou také uchovávány metodou kryokonzervace. Provoz sbírky je významnou měrou financován v rámci Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM). Součástí sbírky CCDM je od roku 2019 tzv. sbírka pekařská, do které jsou zařazovány kmeny bakterií a kvasinek využitelné v pekárenství. Jedná se převážně o kmeny izolované z kvasů se specifickým technologickými vlastnostmi.

Charakteristika sbírky, počty kultur
V části sbírky zahrnující kvasinky a vláknité houby bylo v roce 2021 deponováno celkem 164 kmenů. Z tohoto počtu tvoří kvasinky 86 kmenů a vláknité houby 78 kmenů. Mezi sbírkové kvasinky jsou zahrnuty zejména rody Candida, Debaryomyces, Kazachstania, Kluyveromyces, Naumovozyma, Pichia, Saccharomyces, Trichosporon a Zygosaccharomyces a dále pak kvasinky zařazené v pekárenské sbírce- zástupci rodů Kazachstania a Saccharomyces. Vláknité houby pak zastupují kmeny Penicillium camemberti, Penicillium nalgiovense a Penicillium roquefortii. Jedná se o kmeny využívané při výrobě plísňových sýrů. Sbírka CCDM bude i nadále pokračovat v cíleném rozšiřování stávající sbírky o nové izoláty využitelné v mlékárenství a pekárenství.

Metody uchování kmenů
Sbírka CCDM uchovává kmeny houbových mikroorganismů dvěma způsoby:
• kryoprezervace- interval obnovy nastaven na 5 let
• šikmé živné agary- obnovovány 1x ročně

Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Činnost sbírky je definována Směrnicí pro řízení činnosti sbírky dle ČSN EN ISO 9001. Na základě kontrolních auditů byl sbírce Laktoflora® v roce 2002 udělen certifikát. Činnost sbírky je dále zajišťována podle vnitřní směrnice. Veškeré způsoby deponace jsou popsány v řízených dokumentech.

Služby
• bezplatné poskytování sbírkových kmenů v rámci národního programu (NPGZM) výukovým a výzkumným institucím
• zakázková izolace, kultivace a identifikace kmenů
• možnost dlouhodobé deponace vlastních kmenů ve sbírce
• odborná poradenská a konzultační činnost

Začlenění do národních a mezinárodních organizací
Sbírka CCDM je součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů rostlin, zvířat a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství (NPGZM). Na mezinárodní úrovni sbírka spolupracuje se sbírkami CBS, Westerdijk Institute (Holandsko), MIRRI (Francie), CCY (Slovensko). Sbírka CCDM je dále evidována v National Library of Medicine Database Maintenance Project a dále ve World Data Centre for Microorganisms (WFCC 874).

Kontakt:

Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora®
MILCOM a.s.
Sbírka mlékárenských mikroorganismů
Výzkumný ústav mlékárenský
Soběslavská 841
390 02 Tábor
Tel./Fax: 381 252 980
Mobil: 723679012
e-mail: sbirka@vum-tabor.cz

Ing. Miloslava Kavková, Ph.D., vedoucí sbírky CCDM
m.kavkova@vum-tabor.cz
+420 723 679 012

Mgr. Ladislav Bár, kurátor sbírky CCDM
l.bar@vum-tabor.cz
+420 733 591 080

www.ccdm.cz

Biohazard flow box

Deponace kvasinek na agarových médiích

Deponace penicillií na živných agarech

Kryoprezervace v mrazícím boxu

Kultury v bujonech a v lyofilizované formě

Mikroskop Olympus BX-43

Morfologie vláknitých hub (P. roqueforti, YES, 25 °C, 7 dní)

Thermal cycler Biometra

Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů (CCDBC), (Milcom, a. s., Tábor)

Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů (CCDBC) vznikla v roce 2019 s podporou Ministerstva zemědělství ČR jako součást Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů rostlin, zvířat a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství (NPGZM). Sbírka sídlí na pracovišti Výzkumného ústavu mlékárenského v Táboře (areál společnosti MILCOM a.s.) a zabývá se uchováváním kmenů bakterií, kvasinek a vláknitých hub, které kontaminují mlékárenské a pekárenské produkty a mají vzhledem ke svým vlastnostem potenciál pro využití v dalším výzkumu.
Během dvou let svého trvání se sbírka rozšířila na 79 kontaminujících kmenů. Do budoucna se sbírka bude rozšiřovat mimo jiné i o izoláty z pekárenských provozů, zejména z různých kvasů, v souladu s řešením projektů NAZV, které jsou zaměřené na antifungální aktivitu a funkční a:technologické vlastnosti mikroorganismů v mléčných výrobcích a kvasech.

• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V roce 2021 bylo ve sbírce deponováno 37 kmenů vláknitých hub a 19 kmenů kvasinek izolovaných převážně ze sýrů, solných lázní a spadů v mlékárenských provozech.
Vláknité houby hrají v mlékárenství podstatnou roli při výrobě plísňových sýrů. Jedná se však prakticky pouze o druhy Penicillium camemberti, P. roqueforti a P. nalgiovense. Většina vláknitých hub v mlékárenství a pekařství jsou však závažnými a nežádoucími kontaminanty (např. celé spektrum rodů Penicillium, Cladosporium, Alternaria, Fusarium a mnohé další). Jsou také zodpovědné za jejich viditelné i neviditelné defekty – zápach, změna barvy, produkce toxinů. Mezi zástupce deponovaných kvasinek patří např. Debaryomyces hansenii, Geotrichum candidum, Trichosporon sp., druhy rodu Candida a další.

• Metody uchování kmenů
Sbírka CCDM uchovává kmeny houbových mikroorganismů dvěma způsoby: • kryoprezervace - interval obnovy nastaven na 5 let • šikmé živné agary - obnovovány 1x ročně

• Systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe
Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů plně převzala systém managementu kvality ISO 9001, který byl na pracovišti, kde sbírka sídlí zaveden v roce 2002 v rámci sbírky mlékárenských mikroorganismů - Laktoflora®. Činnost sbírky je dále zajišťována podle vnitřní směrnice. Veškeré způsoby úchovy a konzervace jsou popsány v řízených dokumentech.

• Služby
bezplatné poskytování sbírkových kmenů v rámci národního programu (NPGZM) výukovým a výzkumným institucím
zakázková izolace, kultivace a identifikace kmenů kontaminujících mlékárenské a pekárenské výrobky, provozy a technologie
odborná poradenská a konzultační činnost

• Začlenění do národních a mezinárodních organizací
Nedávno vzniklá sbírka CCDBC je součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů rostlin, zvířat a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství (NPGZM). Do žádného mezinárodních systému zatím začleněna není.

Kontakt:

Sbírka mlékárenských a pekárenských kontaminantů (CCDBC)
MILCOM a.s., Soběslavská 841, 390 02 Tábor, Česká republika
Tel.: +420 733 591 080
www.ccdm.cz
Ing. Miloslava Kavková, Ph.D., vedoucí sbírky CCDBC
m.kavkova@vum-tabor.cz
+420 723 679 012

Ing. Zuzana Dlouhá, kurátor sbírky CCDBC
z.dlouha@vum-tabor.cz
+420 733 591 080